重返南洋

1931年“九一八”事变后，在哈尔滨的伍连德拒绝与侵略中国的日寇合作，愤然出走。这一年的11月16日，伍连德在哈尔滨前往大连的途中，被日军诬陷为间谍，拘留在沈阳。后来，经英国领事出面保释，方获自由，南下上海。

1937年“七七”事变，日寇铁蹄肆意践踏我国大好河山，伍连德被迫离开上海海港检疫管理处，举家出走，去南洋避难，定居马来西亚怡保市，开设私人诊所。

晚年的伍连德有多次的机会进入政界。1945年第二次世界大战结束时，爱德华俭忒总督派人问伍连德是否愿意参加吉隆坡联盟议会；后来在1954年，马来西亚联盟党领袖东姑阿都拉曼和陈祯禄爵士在怡保举行的一次宴会上，也劝伍连德出任政府官员。伍连德认为，自己已进入需要安静休息的年龄，而宦海沉浮，会使人太伤脑筋的。因此，他以年迈为由，一一谢绝，始终不愿卷入政治。

伍连德不愿进入政界，并不漠视有益的社会活动。返回马来西亚，他发现马来西亚、新加坡和印度尼西亚的医学观念比较落后，医疗水平低下。因为英国殖民地有一项传统的制度，即只要不反对殖民统治，他们就不干涉殖民地居民选择宗教与医药的自由。

所以庸医俯拾皆是，他们有中国人、马来人、印度人、巴基斯坦人等。他们凭借伶俐的口才，骗取病人的信任，接受他们的治疗，结果既损失了金钱，又伤害身体。最终是老百姓遭殃。伍连德目睹这一情形，一种医生的社会责任感油然而生。他撰写文章，发表演讲，向大众宣传科学。

1948年，他在《马来西亚医学杂志》上发表一篇文章，题为“马来西亚社会医学的前途”。在这篇文章中，伍连德预言：“将来穷苦人民也可像富有和受过良好教育的人民一样，受到照顾。医院和卫生中心里的医生，一定很多——大概二千人中便有一位医生。他们都勤于医治病人，演讲学术，管理实验室及施行外科手术。医药将惠及大众，不再是少数人的特权。

此外，还有旅行或流动的诊所，装备着一个附有显微镜的实验室，前往各处乡村，为人民诊病，同时也致力防患工作，而人民不必花费分文。数年之后，乡民的健康必大为增进，而庸医便不再有勒索之机会，甚至会被迫停业。”

伍连德爱好书籍。除中国医学史和防疫问题的专门著作外，他大量搜集和阅览哲学、历史、文化、艺术的名著。1938年中日战争初期，准备离开中国，重返马来西亚之前，不幸39箱书全部遗失。但是，重返马来西亚后，收藏和阅览书籍的习惯并没有改变，经过20年的辛勤搜集，他的书房又有二千多册新书。伍连德爱好收藏古董。同时，他也知恩图报。伍医生亲受英国剑桥大学及玛丽医院的益处，所以当皇家亚洲学会要在上海建筑会所的时候，他很慷慨地自动捐助三千镑，约占全部建筑费的三分之一。这种知恩图报及崇尚学术的精神，可说是东西文化交流后最好的产品。

返回祖国近三十年，伍连德业绩斐然，晚年，他依然眷恋着为之奋斗一生的祖国。重返北马来西亚之后，他利用行医之暇，花了六年时间，写成一本洋洋五十万言的英文自传，叫《瘟疫斗士——一个现代中国医生的自传》。他在《自传》序言中流露出怀念祖国之情：“我曾将我的大半生奉献给古老的中国，从清末到民国，直到国民党统治崩溃。在我脑海中往事记忆犹新。”他坚信：“新中国的成立，将使这个伟大的国家永远幸福繁荣。”

1960年1月21日，伍连德在马来西亚槟榔屿逝世，享年81岁。